Elle est assurée par les habitats pélagiques (dans la colonne d'eau) et benthiques (sur le fond). 

Les secteurs pélagiques les plus productifs du Parc sont les embouchures des principaux estuaires (Gironde, Charente et Sèvre niortaise), les pertuis et l’ouest des îles de Ré et d’Oléron.

Les habitats benthiques les plus productifs sont (par ordre d’importance) : 

• les vasières intertidales (soumises au balancement des marées)
  Elles génèrent une importante production de microalgues benthiques : le microphytobenthos. Celui-ci forme le biofilm photosynthétique à la surface des sédiments qui est remis en suspension dans la colonne d’eau à chaque marée. Cette production de matière végétale explique la venue de milliers d’oiseaux à marée basse et de millions de poissons à marée haute. Ces derniers sont des prédateurs de tous les petits organismes qui s’alimentent directement de cette matière végétale. Elle constitue également une part très importante de l’alimentation des huîtres et des moules élevées.
• les prés salés dont dépendent de nombreuses espèces d’oiseaux et juvéniles de poissons,
• les herbiers de zostères, importants contributeurs des réseaux alimentaires dans les zones calmes des pertuis, et ressources alimentaires essentielles pour les bernaches cravant en migration,
• les peuplements de macro-algues : leur dégradation naturelle et cyclique est à l’origine d’une importante biomasse qui sert de ressource alimentaire aux nombreux organismes détritivores peuplant les estrans. Les champs de macro-algues sont répartis essentiellement sur les côtes rocheuses des îles de Ré et d’Oléron, et sur la rive droite de l’estuaire de la Gironde.