L’ensemble du Parc naturel marin est situé en Natura 2000, avec un réseau de 25 sites. Ces sites sont reconnus d’importance européenne pour la conservation d’un certain nombre d’habitats et d’espèces. Pour qu’une activité puisse se pratiquer au sein d’un site Natura 2000, elle doit évaluer son incidence sur la préservation de ces habitats et espèces et identifier les moyens de réduire son impact.

Dans le cas de la pêche professionnelle, il s’agit de réaliser une analyse de risque en trois étapes, portant sur l’ensemble de la flottille, soit environ 400 navires de pêche.
La première étape consiste à localiser les activités de pêche, les espèces et les milieux marins concernés par le projet. Il s’agit ensuite de croiser leur répartition afin d’identifier les zones d’interaction et de calculer les niveaux de risque qui en découlent pour la préservation de la biodiversité. Des mesures de réductions de ces risques seront finalement proposées lorsque nécessaire en travaillant sur les engins de pêche ou la règlementation encadrant l’activité.

Au sein du Parc naturel marin, cette analyse est menée sur l’ensemble des 25 sites Natura 2000 présents dans le périmètre du Parc et en lien avec les gestionnaires et les comités de pilotage des sites mixtes terre – mer.